Offre emploi Administrateur Système sur la plateforme Bioinf

par culex44 Mer 2 Sep 2015 - 9:31

Ingénieur en Informatique – Administrateur Système (Cluster et Virtualisation) sur la plateforme Bioinformatique BiRD

La plateforme bioinformatique BiRD développe et met à disposition des méthodes et des outils innovants pour l'analyse et l'exploitation de données de génomique.
Elle est intégrée à la SFR Santé F. Bonamy, et déploie une infrastructure informatique haute performance mutualisée à disposition d’une large communauté d’utilisateurs appartenant aux laboratoires de recherches du Grand Ouest.
La plateforme s'appuie sur des équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l’unité INSERM U1087, à laquelle elle est adossée. L’un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en œuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies. La plateforme est également en lien étroit avec l’équipe Combi du LINA (Laboratoire Informatique Nantes Atlantique), dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des
systèmes.
La plateforme est équipée :
 de 3 serveurs de développement dédiés à l'analyse de données en génomique,
 d'un cluster de calcul constitué de 8 lames pour un total de 512 cœurs, 2.1 To de RAM et 80 To de stockage dédié à l’analyse de données issue du séquençage,
 d’un cluster de calcul (BiRD Cluster) constitué de 5 lames (320 cœurs, 1.3 To RAM, 150 To stockage) ouvert à la communauté scientifique. Trois autres lames de ce cluster sont dédiées à l’hébergement d’une
infrastructure cloud prototype (CloudStack).
Les deux clusters sont gérés par un outil de management (Bright Cluster) et fonctionnent avec un système de soumission de tâches (Sun Grid Engine).
Missions :
Afin de maintenir les ressources informatiques de la plateforme et développer de nouveaux services, nous recherchons un(e) ingénieur(e) informaticien(ne) pour prendre en charge l’administration système de notre infrastructure intégrée dans le Data Center de l’Université de Nantes. La personne recrutée travaillera en lien étroit avec le SNPS (service numérique de proximité santé) et de la DSIN (Direction des systèmes d'information et du numérique).
Sous la direction des responsables scientifique et technique de la plateforme, Richard Redon et Audrey Bihouée, ses missions seront :
 la gestion des comptes utilisateurs,
 l’aide à l’installation et à la mise à jour de logiciels bioinformatiques et des librairies associées,
 la mise en place d’outils de supervision pour mesurer finement l’utilisation des ressources,
 la formation des utilisateurs à l’usage du cluster,
 le développement de nouveaux services “cloud” en bio-informatique et Sciences de la Vie
Sur l’activité Cloud, l’ingénieur(e) aura en charge de définir et déployer des services IAAS et PAAS pour les bioinformaticiens et biologistes à partir d’un prototype déjà en place. Cela consiste au montage de nouveaux disques réseaux, et au test de l’interopérabilité des machines virtuelles bioinformatiques entre différentes plateformes régionales. Il/elle collaborera avec les ingénieurs de la plate-forme Genouest de Rennes, de la DSI de l’Université de Nantes et avec des équipes de recherche sur ces différents aspects. L’ingénieur(e) participera également au groupe de travail GRISBI : groupe de réflexion de l’Institut Francais de Bio-informatique (IFB), sur les infrastructures en bioinformatique à l’échelle nationale. Ce groupe de travail se réuni environ 2 fois par an.
Connaissances et compétences requises:
- Avoir une connaissance approfondie en administration i) de systèmes Linux, ii) de stockage partagés et iii) d’infrastructures de calcul type cluster.
- Avoir une bonne connaissance du fonctionnement des ordonnanceurs de tâches. Avoir une expérience de SGE serait un plus.
- Avoir une bonne connaissance des technologies de virtualisation (KVM, VMware). Connaître un environnement Cloud (StratusLab, OpenStack, CloudStack, etc.) serait un plus.
- Avoir une connaissance générale des procédures de sécurité informatique.
- Avoir de bonnes qualités rédactionnelles, en français et en anglais (technique).
- Savoir travailler en équipe et en réseau.
Conditions de recrutement
Type de poste : CDD
Niveau : Ingénieur d’étude (IE)
Diplôme : Licence filière informatique
Date de début de contrat : Septembre 2015
Durée : 12 mois
Affectation : Plate-forme BiRD, INSERM UMS 016, CNRS UMS3556, FED 4203 – IRSUN
Ville : Nantes
Adresser CV + lettre de motivation par mail à audrey.bihouee@univ-nantes.fr